Postupak provjere organizacijskih, programskih i financijskih kapaciteta organizacije provodi se samo prilikom odlučivanja o pružanju višegodišnje podrške putem javnih poziva na predlaganje programa i projekata u Programskim područjima 1, 4 i 5.

Nakon procjene kvalitete prijava najbolje ocijenjene prijave u programskom području i kategoriji, a koje su podnesene za ostvarivanje višegodišnje podrške, u skladu s proračunom definiranim Odlukom o udjelu financiranja višegodišnjih programa/projekata u ukupnom proračunu programskog područja predlažu se za dodjelu višegodišnje podrške. Na temelju toga prijedloga Stručna služba Zaklade vrši provjeru programskih, organizacijskih i financijskih kapaciteta organizacija predloženih za dodjelu višegodišnjih podrški. Stručna služba sastavlja Izvještaj o provjeri organizacijskih, programskih i financijskih kapaciteta organizacije te ga dostavlja Upravnom odboru na razmatranje.

Odluku o pružanju višegodišnje podrške na rok do tri (3) godine donosi Upravni odbor. Odluka se donosi na temelju procjene kvalitete prijava i Izvještaja Stručne službe Zaklade o provjeri organizacijskih, programskih i financijskih kapaciteta organizacija koje su predložene za dodjelu višegodišnje podrške.