Članovi Povjerenstva rade na sjednicama te između sjednica u e-sustavu za procjenu kvalitete prijava u kojem se nalaze samo one e-prijavnice koje im je Odjel za programe podrške dodijelio na procjenu kvalitete. Prilikom dodjele prijava članovima Povjerenstva Odjel za programe podrške vodi računa o njihovu području stručnosti i kompetencijama, kao i o tome da svakom članu Povjerenstva bude dodijeljen podjednak broj prijava. Svaku prijavu procjenjuju dva (2) člana Povjerenstva. Ocjene svakog člana Povjerenstva koje su dodijeljene jednoj prijavi se zbrajaju te se dijeljenjem s brojem članova koji su procjenjivali tu prijavu dobiva srednja bodovna vrijednost. Srednja bodovna vrijednost koja se unosi u zbirnu rang listu svih procijenjenih prijava prikazuje se kao postotak ukupno ostvarenih bodova prilikom procjene kvalitete prijava. Prijave se rangiraju od najvećeg mogućeg postotka ostvarenih bodova prema najmanjem, s označenim prijavama koje u nekoj od podskupina kriterija nisu prošle propisani bodovni prag.

U slučaju da Odjel za programe podrške prilikom provjere raspona ocjenjivanja utvrdi razliku od 40 % i više između najveće i najmanje zbirne ocjene dodijeljene jednoj prijavi, uvodi se novi procjenitelj koji će procijeniti kvalitetu predmetne prijave. Ocjene onog člana Povjerenstva koje najviše odstupaju od ostalih neće se uzeti u obzir prilikom računanja zbirne ocjene za tu prijavu.

Povjerenstvo nakon obavljene procjene kvalitete prijava utvrđuje rang listu koja sadrži popis svih prijava od najvećeg mogućeg postotka ostvarenih bodova prema najmanjem, s označenim prijavama koje u nekoj od podskupina kriterija nisu prošle propisani bodovni prag kao i prijave koje su isključene u skupini kriterija Prihvatljivost prijave. Rang lista donosi se u skladu s indikativnim proračunom Programa podrške 2019.

Na temelju rang liste izrađuje se Prijedlog za dodjelu bespovratnih sredstava. Povjerenstvo upućuje Upravnom odboru odluku i Prijedlog za dodjelu bespovratnih sredstava, koji sadrži popis svih procjenjivanih prijava, odobrenih i odbijenih prijava, osnovne podatke o svakoj prijavi (naziv organizacije, OIB, poštanski broj i sjedište, ime i prezime osobe ovlaštene za zastupanje, naziv prijave, status prijave, postotak ukupno ostvarenih bodova, odobreni iznos).