Članovi Povjerenstva rade na sjednicama te između sjednica u e-sustavu za procjenu kvalitete prijava u kojem se nalaze samo one e-prijavnice koje im je Odjel za programe podrške dodijelio na procjenu kvalitete. Svaku prijavu procjenjuju dva člana Povjerenstva. Ocjene svakog člana Povjerenstva koje su dodijeljene jednoj prijavi se zbrajaju te se dijeljenjem s brojem članova koji su procjenjivali tu prijavu dobiva srednja bodovna vrijednost koja se unosi u zbirnu bodovnu rang listu svih procijenjenih prijava u jednoj kategoriji, u kojoj su prijave rangirane od najvećeg mogućeg prosjeka bodovnih vrijednosti prema najmanjem, s označenim prijavama koje nisu prošle bodovni prag.

U slučaju da Odjel za programe podrške prilikom provjere raspona ocjenjivanja utvrdi razliku veću od 40% između najveće i najmanje zbirne ocjene dodijeljene jednoj prijavi uvodi se novi procjenitelj koji će procijeniti kvalitetu predmetne prijave. Ocjene onog člana Povjerenstva koje najviše odstupaju od ostalih neće se uzeti u obzir prilikom računanja zbirne ocjene za tu prijavu.

Nakon završenog procesa ocjenjivanja svih prijava i izrade rang lista za svaku kategoriju članovi Povjerenstva zaduženi za pisanje obrazloženja sastavljaju konačno obrazloženje za svaku pojedinu prijavu koja je procjenjivana.

Povjerenstvo nakon obavljene procjene kvalitete prijava upućuje Upravnom odboru odluku i Prijedlog za dodjelu bespovratnih sredstava odabranim prijavama, koji sadrži popis svih procjenjivanih prijava, odobrenih i odbijenih prijava, osnovne podatke o svakoj prijavi (naziv organizacije, OIB, poštanski broj i sjedište, ime i prezime osobe ovlaštene za zastupanje, naziv projekta, status prijave, bodove, odobreni iznos) te sažetak projekta i obrazloženje za svaku prijavu koju je Povjerenstvo procjenjivalo.