Postupak provjere programskih, organizacijskih i financijskih kapaciteta organizacije provodi se samo prilikom odlučivanja o pružanju višegodišnje podrške putem javnog poziva na predlaganje projekata i programa za razvojnu podršku za organizacije.

Nakon procjene kvalitete prijava najbolje ocijenjene prijave u programskom području 1 i kategorijama a2 ili b2, a koje su podnesene za ostvarivanje višegodišnje podrške, Povjerenstvo predlaže za dodjelu višegodišnje podrške. Na temelju prijedloga Povjerenstva Stručna služba Zaklade provodi programsko vrednovanje te provjeru organizacijskih i financijskih kapaciteta organizacija koje je Povjerenstvo predložilo za dodjelu višegodišnjih podrški. 

Odluku o pružanju višegodišnje podrške na rok do tri (3) godine donosi Upravni odbor. Odluka se donosi na temelju procjene kvalitete prijava te na temelju izvještaja Stručne službe Zaklade o provedenom programskom vrednovanju te vrednovanju organizacijskih i financijskih kapaciteta organizacija koje su predložene za dodjelu višegodišnje podrške.